Tras su retirada como jugador, debutó como entrenador en la
temporada 2003-04, con el primer equipo del
Rayo Vallecano, recién descendido a
Segunda División. Lopetegui fue destituido poco después de comenzar la temporada y el
Rayodescendió a
Segunda División B.
5
Tras incorporarse en 2006 con
Ramón Calderón al organigrama del Real Madrid, primeramente como responsable de los ojeadores internacionales del club, volvió a los banquillos en junio de 2008, al hacerse cargo del
Real Madrid Castilla, primer filial del club merengue, cargo que abandonó a final de temporada tras no ascender al equipo de categoría, desvinculándose del club tras tres temporadas.
6
Entre agosto de 2010 y mayo de 2014, formó parte del cuerpo técnico de la
Real Federación Española de Fútbol, ocupando primeramente el cargo de seleccionador
sub-19 y
sub-20, y tras los
Juegos Olímpicos de 2012, de la
selección sub-21.
FC Porto
En mayo de 2014, es contratado como entrenador del
Oporto de la
Primeira Liga de
Portugal.
7 En su primera temporada con el conjunto «portista», concluyó segundo en liga a tres puntos del Benfica, mientras que en
Liga de Campeones alcanzó los cuartos de final ante el Bayern de
Guardiola.
8 Fue destituido a mediados de la segunda temporada, en enero de 2016, con el equipo tercero en liga y en dieciseisavos de
Liga Europa, tras ser apeado en la fase de grupos de la
Liga de Campeones.
9
Real Madrid
El 12 de junio de 2018, el
Real Madrid anunció a través de un comunicado su contratación como técnico tras la disputa de la
Copa Mundial, para la temporada
2018/19.
10 Al día siguiente fue destituido como seleccionador nacional
11 y el 14 de junio se produjo su presentación oficial como entrenador blanco.
12Fue destituido el 29 de octubre tras la derrota por 5 a 1 en el Camp Nou.