Los líderes del ejército sirio son principalmente alawitas y algunos sunitas y cristianos tomados con pinzas (como los del clan Tlass, que se salió del gobierno y se arrancó de Siria), y antes del golpe de Assad los sunitas que gobernaban Siria discriminaban fuertemente a los alawitas al punto que eran uno de los grupos más pobres de Siria en la época.
El clan Assad, siendo alawita, cambió todo eso y se enfocó en dejar a alawitas en todos los puestos importantes de poder en el Estado sirio y usaron el Ba'ath para sus fines, pues al ser una ideología secular y popular en esa época tenían todo un fundamento para tratar de enfatizar la unidad árabe y dejar a un lado las divisiones sectarias, lo que naturalmente llevaba a legitimar esta mejora en el status de la minoría alawita. No sólo eso, si no que con esta secularización también se hizo otros cambios como el secularizar la Constitución de Siria (sin voto, por supuesto), lo que a los sunitas no les hizo ninguna gracia y llevó a que se rebelaran de una forma similar a como lo hacen ahora durante los '70.
Esta discriminación que han sufrido los alawitas en Siria es una de las razones por las que Assad es brutal con los rebeldes, pues los alawitas lógicamente no quieren volver al status quo pre-Assad, y es una razón por la que Assad tampoco es necesariamente el malo de la película.
Sí, este conflicto es sectario. Decir lo contrario es pasarse por la raja la historia de Siria como país independiente, aunque supongo que para algunos el evidente odio a EE.UU. prima por sobre la importancia de la historia de los países.